После первой попытки конвертировать данные в новую конфигурацию я тут же нашел всякие недостатки. В номенклатуре у ряда позиция не стояла единица измерения например. Вообщем поверьте мне на слово пока, что такая ситуация можем случиться, Вы конвертировали а что то не то. Так вот если позиций под 1000 то вручную удалять все из справочника как то не хочется. Конечно, можно девочку посадить. А есть и другой выход. У справочника есть функция удалить. Вот ей мы то и воспользуемся для очистки справочника. Обратите внимание, что не пометка на удаление, а удалить. Ведь в нашем варианте справочник новый, не где в операциях пока не задействован.

Удалить
Удалить элемент справочника.

Синтаксис:
Удалить(<Режим>)
Англоязычный синоним:
Delete

Параметры:
<Режим> Числовое выражение: 1 — непосредственное удаление; 0 — пометка на удаление. Необязательный параметр. Значение по умолчанию — 1.

Описание:
Метод Удалить удаляет (или делает пометку на удаление) текущий элемент или группу справочника.
Данный метод может использоваться только для объектов, созданных функцией СоздатьОбъект.
Замечание: Непосредственное удаление объекта следует применять очень аккуратно, так как это действие может нарушить ссылочную целостность информации. Данный режим не рекомендуется использовать, если на данный объект могут быть ссылки в других объектах, например в реквизитах существующих документов.

Пишем код полного удаления записей из справочника.

Процедура Сформировать()

	Спр =СоздатьОбъект("Справочник.Номенклатура");
	Cпр.ВыбратьЭлементы();  
	Пока Спр.ПолучитьЭлемент()>0 Цикл
	 Спр.Удалить(); 
	КонецЦикла;

КонецПроцедуры

Код из 7 строк, работает пару минут, экономия нервов и времени.